独立核算的分公司由于不是独立的法人组织，分公司缴纳企业所得税时，可以分为两种情况：

1、独立申报纳税

独立的分公司，在独立核算的前提下，可以选择独立申报纳税。这个时候，分公司可以按照独立的“组织”申报企业所得税。

在这样的情况下，分公司不管是亏损还是盈利，都不会影响总公司的财务报表。

2、汇总申报纳税

对于分公司而言，不管是选择独立核算还是非独立核算，都可以选择与总公司一起申报企业所得税。

在汇总申报企业所得税时，总公司与分公司之间按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的指导方针申报纳税。

具体来说，总公司和分公司把相关数据统一计算出来以后，按照收入、总资产和工资总额的权重分摊各自需要承担的企业所得税。然后，分公司与总公司在当地预缴，最后由总公司进行汇缴清算。

独立核算的分公司，汇总申报企业所得税时如何分摊？

总的分摊办法是总公司承担50%，分支机构分摊50%。

1、总公司

对于总公司分摊的50%来说，其中的一半需要就地办理缴纳，另一半需要就地全额缴入中央国库。

2、分公司

对于分公司来说，如果只有一个，那么这个分公司直接承担分摊的50%企业所得税即可。如果有多个分公司，就需要按照收入、资产和工资的权重进行再次分摊。

根据《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》的规定可知，经营收入、资产总额和职工工资三个因素的权重依次为0.35、0.30和0.35。

举例说明：

甲公司是总机构，同时也是管理机构，且不参与具体的生产经营。甲公司下面有2个分支机构，即乙公司和丙公司。

2022年第一季度时相关数据如下，乙公司营业收入500、职工薪酬250、资产总额200；丙公司营业收入1000、职工薪酬420、资产总额780。

若2022年第一季度该集团公司应纳税所得额是10000，且总、分公司均适用25%的企业所得税税率。应纳所得税额=10000*25%=2500。

季度预缴时，总机构甲公司分摊的预缴税额=2500*50%=1250。

两个分公司分摊的预缴税额=2500*50%=1250。

其中：

乙公司的分摊比例=（500/1500）×0.35+（250/670）×0.35+（200/980）×0.30=0.31。

丙公司的分摊比例=（1000/1500）×0.35+（420/670）×0.35+（780/980）×0.30=0.69。

所以，乙公司应预缴的企业所得税=1250*0.31=387.5。

丙公司应预缴的企业所得税=1250*0.69=862.5。